Ondanks de vele voordelen kent de Honeywell Lyric T6 ook enkele beperkingen. Zo is de thermostaat uitsluitend compatibel met 2,4 GHz wifi-netwerken, waardoor gebruikers met een 5 GHz netwerk een extra aanpassing moeten doen of mogelijk verbindingsproblemen kunnen ondervinden. Dit kan voor sommige huishoudens een struikelblok zijn bij de installatie.
Daarnaast kan de installatie, door de bedrade aansluiting en het gebruik van een ketelmodule, vrij technisch zijn. Dit betekent dat het voor de gemiddelde gebruiker lastig kan zijn om de thermostaat zelf te installeren, zeker zonder enige ervaring met cv-ketels en elektrotechniek. Voor sommige cv-ketelmodellen, specifiek bij Nefit, Bosch en Vaillant, is bovendien een extra convertermodule nodig, wat extra kosten en installatietijd met zich meebrengt.
Ook is het ontwerp vrij minimalistisch, zonder al te veel extra functies op het scherm zelf, wat beperkend kan zijn voor gebruikers die meer uitgebreide bediening aan de thermostaat zelf wensen, zonder afhankelijk te zijn van de app. Tenslotte ontbreekt ondersteuning voor andere smart home-platforms dan Apple HomeKit, waardoor bijvoorbeeld gebruikers van Google Home of Amazon Alexa minder geïntegreerde mogelijkheden hebben.